Εργαστήριο Βιοχημείας

Το Εργαστήριο Βιοχημείας (5 μέλη ΔΕΠ) έχει την ευθύνη διδασκαλίας της Χημείας και Βιοχημείας στους Φοιτητές της Ιατρικής. Το Εργαστήριο διαθέτει εξοπλισμό και τεχνογνωσία για τη μελέτη θεμάτων Βιοχημείας, Μοριακής & Κυτταρικής Βιολογίας και Αναλυτικής Χημείας και αντίστοιχης παροχής υπηρεσιών. Δραστηριοποιείται ερευνητικά στη μελέτη των μηχανισμών της κυτταρικής απόκρισης στην υποξία, της ομοιοστασίας του σιδήρου και του ρόλου της υποξίας στη καρκινογένεση και άλλες ασθένειες, του ρόλου των SR κινασών και πρωτεϊνών της πυρηνικής μήτρας στη γονιδιακή έκφραση, των μηχανισμών βιογένεσης, αμινοακυλίωσης και μεταφοράς του tRNA και της εφαρμογής των μοριακά αποτυπωμένων πολυμερών στην απομόνωση βιοδραστικών φυσικών ενώσεων. Η ερευνητική δραστηριότητα του χρηματοδοτήθηκε από ανταγωνιστικά προγράμματα συνολικού ύψους 525.000 €, οδήγησε στην εκπόνηση 11 διδακτορικών διατριβών και στη δημοσίευση (από το 2001) 71 εργασιών σε διεθνή επιστημονικά περιοδικά (27 στο πεδίο της υποξίας).

Θεσμοθετημένο εργαστήριο. ΦΕΚ: 181 06/10/1993

Ερευνητικές Δραστηριότητες

1. Οι μηχανισμοί επαγωγής των HIF-1α και HIF-2α από χημικούς και βιολογικούς παράγοντες (δεσφεριοξαμίνη, κοβάλτιο και φλαβονοειδή) σε φυσιολογικές συνθήκες και σε συνθήκες υποξίας, σε καρκινικά και φυσιολογικά ανθρώπινα κύτταρα και ιστούς.
2. Ο ρόλος των HIF-1α και HIF-2α στην κυτταρική επιβίωση, πολλαπλασιασμό και απόπτωση των καρκινικών κυττάρων.
3. Η ρύθμιση του HIF-1α μέσω φωσφορυλίωσης και μεταφοράς από και προς τον πυρήνα σε κύτταρα αδενοκαρκινώματος και ηπατοκαρκινώματος.
4. Η ταυτοποίηση πρωτεϊνών που αλληλεπιδρούν με τον HIF-1α και η βιολογική-ιατρική σημασία αυτών των αλληλεπιδράσεων.
5. Η σύνθεση και εφαρμογή των μοριακώς αποτυπωμένων πολυμερών-ΜΙΡ για την στοχευμένη απομόνωση βιοδραστικών φυσικών ενώσεων που ρυθμίζουν την απόκριση των κυττάρων στην υποξία.
6. Ο ρόλος της υποξίας και των HIF στην έκφραση της εψιδίνης, μιας νέας ηπατικής ορμόνης που ρυθμίζει την ομοιοστασία του σιδήρου.
7. Η εξακρίβωση του ρόλου του HIF-1α στην ανταποκρισιμότητα και φυσιολογία των λείων μυικών κυττάρων των αεραγωγών (σε συνεργασία με το Εργ. Φυσιολογίας ).
8. Η ανάπτυξη ειδικών αντισωμάτων και ανάλυση της έκφρασης του HIF-1α σε δείγματα όγκων ανοσοϊστοχημικά (σε συνεργασία με το Εργ. Παθολογικής Ανατομικής).
9. Η έκφραση γονίδιων στόχων της υποξίας σε βιοψίες ασθενών με ηπατοπάθειες με στόχο την ανάπτυξη προ- ή δια-γνωστικών μεθόδων (σε συνεργασία με την Παθολογική Κλινική).
10. Η ανίχνευση απλών νουκλεοτιδικών πολυμορφισμών του γονιδίου του HIF-1α σε ασθενείς και ο συσχετισμός τους με παθολογικές καταστάσεις (σε συνεργασία με την Ορθοπεδική Κλινική).
11. Μελέτη της βιογένεσης, αμινοακυλίωσης και μεταφοράς του tRNA με έμφαση τη δομή και λειτουργία του Arc1p-συμπλόκου αμινοακυλίωσης του tRNA (Γ. Σίμος).
12. Τον ρόλο των SR κινασών στη γονιδιακή έκφραση με έμφαση την αλληλεπίδραση της SRPK1 με τους παράγοντες της πυρηνικής μήτρας SAFB1/2 (E. Γεωργάτσου).
13. Μελέτη του οξειδωτικού στρες σε κύτταρα του ενδοθηλίου (Π. Λιάκος).
14. Αναλυτική και περιβαλλοντική Τοξικολογία (Α. Τσακάλωφ).

Εργαστηριακή Υποδομή

1. Ατομικό κινητό ερευνητικό εξοπλισμό (αυτόματες πιπέτες, επιτραπέζιους επωαστήρες και ανακινητές, μικροφυγοκέντρους, οπτικά μικροσκόπια κλπ).
2. Ζυγούς, πεχάμετρα, υδατόλουτρα, παγομηχανή.
3. Θερμοστατούμενους και περιστρεφόμενους επιδαπέδιους επωαστικούς ανακινητήρες για την ανάπτυξη υγρών καλλιεργειών μικροοργανισμών.
4. Ημιαυτόματο σύστημα χρωματογραφικού διαχωρισμού πρωτεϊνών.
5. Επιδαπέδια ψυχομένη παρασκευαστική φυγόκεντρο και υπερφυγόκεντρο.
6. Συσκευές απλής και ποσοτικής real-time PCR.
7. Τροφοδοτικά, συσκευές οριζόντιας και κάθετης ηλεκτροφόρησης DNA και πρωτεϊνών, συσκευές αποτύπωσης.
8. Σύστημα ξήρανσης πηκτών ηλεκτροφόρησης.
9. Κλιβάνους υβριδισμού.
10. Επιδαπέδιο μετρητή β-ακτινοβολίας.
11. Σύστημα φυγοκεντρικού συμπυκνωτή.
12. Φασματοφωτόμετρο UV/VIS.
13. Λουμινόμετρο.
14. Φθορισμόμετρο.
15. Ψυγεία, ψυγειοκαταψύκτες.
16. Εγκαταστάσεις κυτταροκαλλιεργειών (θαλάμους νηματικής ροής, επωαστικούς κλιβάνους, ανάστροφο μικροσκόπιο, επιτραπέζιες φυγοκέντρους).
17. Μικροσκόπιο φθορισμού με ψηφιακή κάμερα.
18. Σύστημα Υγρής Χρωματογραφίας Υψηλής Απόδοσης (HPLC).
19. Σύστημα λήψης και επεξεργασίας εικόνας χημειοφωταύγειας και φθορισμού.
20. Προσωπικό σταθμό εργασίας και θάλαμο υποξίας.

Υπηρεσίες προς Επιχειρήσεις

1. Ανάλυση με ανοσοαποτύπωση των ολιγοκλωνικών αντισωμάτων στον ορό και στο εγκεφαλονωτιαίο υγρό (ΕΝΥ) ασθενών για τη διαφορική διάγνωση της σκλήρυνσης κατά πλάκας.

Ερευνητικά αποτελέσματα/ προϊόντα

1. 71 εργασίες δημοσιευμένες σε διεθνή επιστημονικά περιοδικά (27 στο πεδίο της υποξίας).
2. 1 Δίπλωμα Ευρεσιτεχνίας από τον Οργανισμό Βιομηχανικής Ιδιοκτησίας.
3. Ανάπτυξη βιοαναλυτικών μεθόδων μέτρησης της ενεργότητας των HIFs και την εφαρμογή τους στη συστηματική σάρωση (high-throughput screening) χημικών βιβλιοθηκών για την ανεύρεση και χαρακτηρισμό νέων ουσιών με αντινεοπλασματική δράση.
4. Στοχευμένη απομόνωση βιοδραστικών χημειοπροστατευτικών αντι-καρκινικών ή αντι-ισχαιμικών φυσικών ενώσεων με την βοήθεια των μοριακά αποτυπωμένων πολυμερών (Molecular Imprinted Polymers – MIPs).
5. Παραγωγή καινοτόμων βιοτεχνολογικών προϊόντων (πλασμίδια, ανασυνδυασμένες ανθρώπινες πρωτεΐνες, αντισώματα) για ερευνητική χρήση και εφαρμογή στη διαγνωστική ανοσοϊστοχημική ανάλυση των HIFs και των γονιδίων στόχων τους σε καρκινοπαθείς.

Ερευνητικά Έργα

1. ΠΕΝΕΔ 2001 «Μοριακοί μηχανισμοί απόκρισης στην υποξία – ενεργοποίηση και δράση του μεταγραφικού παράγοντα HIF–1» (2002–2005).
2. Πρόγραμμα Ελληνο–Γαλλικής Συνεργασίας ΠΛΑΤΩΝ «Λειτουργική και βιοχημική ανάλυση του ρόλου των τροποποιήσεων ψευδοουριδίνης στο tRNA» (2002–2003).
3. Πρόγραμμα E+T Συνεργασίας Ελλάδας – Γερμανίας «Ανάπτυξη μιας βιοαναλυτικής μεθόδου στη ζύμη για την μελέτη του ανθρώπινου παράγοντα που επάγεται από την υποξία HIF–1» (2003–2004).
4. Ε.Π.ΑΝ 2003 «Εψιδίνη, μια νέα ορμόνη ρυθμιστής της ομοιόστασης του σιδήρου, η οποία σχετίζεται με την αναιμία χρόνιων νοσημάτων και την αιμοχρωμάτωση: Ανάπτυξη διαγνωστικών μεθόδων, μελέτη του μηχανισμού δράσης και σχεδιασμός πιθανών θεραπευτικών επεμβάσεων» (2004–2006).
5. Πρόγραμμα Επιτροπής Ερευνών Παν. Θεσσαλίας «Διερεύνηση του ρόλου του συμπλόκου της πρωτεΐνης Arc1p στην αμινοακυλίωση και μεταφορά του tRNA» (2003–2004).
6. Πρόγραμμα ΗΡΑΚΛΕΙΤΟΣ «Διερεύνηση του ρόλου των SR πρωτεϊνικών κινασών στη γονιδιακή έκφραση: μελέτη των μοριακών αλληλεπιδράσεων ενός καινούργιου μέλους της οικογένειας, της SRPK1a» (2004–2006).
7. Πρόγραμμα ΗΡΑΚΛΕΙΤΟΣ «Μελέτη της βιογένεσης και μεταφοράς του tRNA: ο ρόλος των τροποποιήσεων και της αμινοακυλίωσης» (2004–2006).
8. Πρόγραμμα ΠΥΘΑΓΟΡΑΣ ΙΙ «Διερεύνηση των σηματοδοτικών μονοπατιών που ενεργοποιούνται από το υποξικό στρες και ο ρόλος τους στην απόπτωση» (2005–2006).
9. Πρόγραμμα ΠΥΘΑΓΟΡΑΣ ΙΙ «Μελέτη του μεταγραφικού παράγοντα HIF–1 και του ρόλου του στο μεταβολισμό του σιδήρου» (2005–2006).
10. Πρόγραμμα ΣΥΝΕΡΓΑΣΙΑ: «Ηπατιδανάλυση: Ανάπτυξη αυτοματοποιημένων μεθόδων προσδιορισμού της ηπατιδίνης και διερεύνηση του διαγνωστικού και παθογενετικού της ρόλου σε ασθένειες απορρύθμισης της ομοιοστασίας του σιδήρου» (2011–2013).
11. Πρόγραμμα ΘΑΛΗΣ: «Εγγενώς εύκαμπτες πυρηνικές πρωτεΐνες: μια ολοκληρωμένη in vivo, in vitro και in silico ανάλυση με συνδυασμό τεχνολογιών αιχμής» (2012–2014).

Πρόσωπα